Fotokogu on sõjamuuseumi enim kasutust leidev kogu.
Kogus leidub originaalfotosid Vabadussõjast, jäädvustusi Eesti Kaitseväest 1920-1940 ja eestlastest Nõukogude Liidu relvajõududes.
On mitmeid fotoalbumeid, näiteks Soomusrongide rügemendi insener Eduard Johannes Jürgensi album, milles olevad fotod kujutavad soomusrongide tegevust Vabadussõjas.